Selain menambahkan ketentuan baru, ada juga aturan yang sifatnya mengubah atau menyesuaikan ketentuan yang ada. Pertama, untuk efisiensi waktu, jangka waktu perpanjangan Pemeriksaan Bukper diubah menjadi paling lama 12 bulan, sebelumnya 24 bulan.
Kedua, menyesuaikan bahwa pengungkapan ketidakbenaran perbuatan dapat dilakukan atas Pasal 38 atau 39 ayat (1) huruf c atau d UU KUP baik yang berdiri sendiri atau berkaitan dengan tindak pidana di bidang perpajakan seperti Pasal 39 ayat (1) kecuali huruf c dan d, Pasal 39 ayat (3), Pasal 39A, dan Pasal 43 UU KUP serta pasal 24 dan Pasal 25 UU Pajak Bumi dan Bangunan (UU PBB).
Ketiga, Pemeriksaan Bukper dapat dilakukan berdasarkan pengembangan dan analisis melalui kegiatan lain, yaitu kegiatan pengawasan, pemeriksaan, pengembangan Pemeriksaan Bukper, atau pengembangan penyidikan, dengan hasil berupa laporan yang memuat usulan Pemeriksaan Bukper.
Keempat, pemberitahuan Pemeriksaan Bukper dan pemberitahuan terkait lainnya harus disampaikan kepada orang pribadi atau badan yang dilakukan Pemeriksaan Bukper, bukan kuasa.
Kelima, untuk menyesuaikan perubahan sanksi administrasi pengungkapan ketidakbenaran menjadi 100%, pembayaran atas pengungkapan ketidakbenaran yang tidak sesuai keadaan sebenarnya diperhitungkan sebagai pengurang nilai kerugian pada saat penyidikan sebesar 1/2 (satu per dua) bagian dari jumlah pembayaran. Di peraturan sebelumnya 2/5 (dua per lima) bagian.