Masalah kerugian keuangan negara dalam suatu perkara korupsi tidak ada habis-habisnya untuk dibahas. Selain tentang siapa yang berhak, siapa yang mengambil keputusan dan cara menghitung kerugian keuangan negara, siapa yang bertanggung jawab serta mengembalikan kerugian keuangan tersebut juga kerap masih menjadi perdebatan.
Kita ambil satu contoh tentang siapa berhak menghitung kerugian keuangan negara. Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) kerap kali menggunakan jasa Badan Pemeriksa Keuangan dan Pembangunan (BPKP) untuk menghitung kerugian keuangan negara. Misal dalam perkara dugaan korupsi pembayaran komisi kegiatan fiktif agen PT Asuransi Jasindo dalam penutupan asuransi oil dan gas pada BP Migas-KKKS tahun 2010-2012 dan tahun 2012-2014.
Meskipun lembaga antirasuah ini juga menggunakan jasa Badan Pemeriksa Keuangan (BPK), misal dalam perkara kasus dugaan korupsi pengadaan tiga unit quay container crane (QCC) tahun 2010 yang menjerat mantan Direktur Utama PT Pelindo II Richard Joost Lino. Bahkan KPK pernah menggandeng BPK dan BPKP untuk kasus korupsi proyek Hambalang yang telah berkekuatan hukum tetap.
Sementara Kejaksaan Agung selain menggunakan jasa BPK dan BPKP, Korps Adhyaksa ini juga menggunakan jasa Kantor Akuntan Publik (KAP) untuk menghitung kerugian keuangan negara. Contohnya dalam perkara dugaan korupsi di PT Pertamina dengan terdakwa mantan Dirut Pertamina Karen Agustiawan, meskipun Mahkamah Agung akhirnya melepaskan Karen sebab apa yang dilakukannya merupakan Business Judgment Rule (BJR).
