Pada saat pembahasan di dalam subkomisi B2, banyak hal-hal yang mendapat perhatian dan tanggapan dari anggota majelis, antara lain masalah Fraksi Utusan Daerah, Peraturan Tata Tertib (Tatib) MPR, dan keberadaan Badan Pekerja (BP) MPR.
Hampir seluruh fraksi mendukung terbentuknya FUD di MPR. Alasannya, dengan pembentukan FUD, mereka akan lebih maksimal memperjuangkan aspirasi daerah yang diwakili.
Dasar pertimbangan fraksi yang mendukung FUD adalah karena selama ini anggota Forum Utusan Daerah mengalami problema sendiri, khususnya bagi anggota majelis Forum Utusan Daerah yang bukan berasal dari partai politk tertentu.
Sebagai contoh, seperti yang dialami oleh seorang anggota majelis dari Forum Utusan Daerah yang merupakan tokoh agama dari Propinsi Riau. Anggota majelis ini akhirnya terpaksa bergabung dengan Fraksi Utusan Golongan. Aneh juga, anggota majelis dari daerah disamakan dengan wakil dari golongan.
Namun usulan pembentukan FUD ditentang oleh Fraksi Partai Persatuan Pembangunan (F-PPP). Fraksi ini berpendapat bahwa pembentukan Fraksi Utusan Daerah melanggar ketentuan legal formal, yaitu UU NO.5 Tahun 1999 tentang Susunan dan Kedudukan (Susduk) MPR.
H. Chodidjah H.M. Saleh, anggota F-PPP, menyatakan bahwa pembentukan FUD mengingkari kesepakatan antar fraksi sendiri pada Sidang Umum MPR 1999 tentang penolakan sebagian fraksi untuk dibentuknya FUD.
Dukungan mayoritas fraksi terhadap pembentukan FUD sebenarnya agak mengherankan. Meskipun dapat memahami keinginan pembentukan FUD, fraksi-fraksi besar sebelum Sidang Tahunan berkeberatan dengan pembentukan pembentukan FUD.
Keberatan fraksi ini karena itu akan merombak kembali Ketatapan MPR No. II Tahun 1999 tentang Peraturan Tata Tertib MPR, yang tercantum pada bab IV tentang Fraksi-fraksi Majelis yang meniadakan Fraksi Utusan Daerah. Masalah lainnya adalah karena keberadaan anggota Utusan Daerah yang berasal dari fraksi-fraksi partai di daerah yang diberdayakan di pusat (MPR) untuk memperjuangkan aspirasi daerahnya.
Pada Sidang Umum MPR 1999 menghasilkan Ketetapan MPR yang mengubah sebagian isi tata Tertib majelis, di antaranya menghapus Fraksi Utusan Daerah. Dengan kesepakatan tersebut, 130 anggota MPR Utusan daerah menyebar di 11 fraksi di MPR. Sampai sekarang masih gelap alasan pencoretan FUD. Namun dugannya waktu itu adalah FUD dapat menjadi tunggangan bagi B.J. Habibie untuk menjabat Presiden.
Peraturan tata tertib
Masalah kedua yang mendapat sorotan adalah Perubahan Kedua Tap MPR No.2 Tahun 1999 tentang Peraturan Tata Tertib MPR, khususnya Pasal 50 ayat 3 tentang Sidang Istimewa.Semula rumusannya berbunyi "Sidang Istimewa Majelis adalah Sidang yang diadakan di luar Sidang Umum dan Sidang Tahunan diubah menjadi Sidang Istimewa Majelis dapat diselenggarakan atas permintaan Sidang Tahunan Majelis untuk meminta dan menilai pertanggungjawaban Presiden atas pelaksaaan putusan Majelis."
Taufiqurrohman, anggota Fraksi Partai Kebangkitan Bangsa, menganggap bahwa tiap Sidang Tahunan MPR selalu ada kemungkinan terjadi perubahan pimpinan nasional yang dikhawatirkan akan berpengaruh negatif terhadap kondisi ekonomi.
Masalah ketiga yang mendapat sorotan adalah keberadaan Badan Pekerja (BP) MPR. Prof. Manasse Malo dari F-PDKB mempertanyakan keberadaan BP MPR dikaitkan dengan rumusan hasil PAH 1 yang sedang dibahas oleh Komisi A MPR berkaitan dengan pembentukan sistem perwakilan dua kamar (bikameral).
"Apabila hak tersebut dimasukkan ke dalam amandemen UUD 45, bagaimana dengan poisisi BP MPR ini mengingat dalam sistem perwakilan dua kamar MPR hanya merupakan satu forum dan bukanlah badan yang permanen," kata Manasse Malo.
Pada saat ini, Komisi B yang terbagi dalam dua subkomisi, sudah memasuki pembentukan tim perumus. Pihak tim perumus ini yang akan membahas perumusan setiap Rancangan Ketetapan (Rantap). Dalam pembahasan, tim perumus didampingi oleh ahli bahasa.
Dalam pembahasan selanjutnya, subkomisi B2 terbagi lagi ke dalam tiga tim perumus. Pertama, tim perumus Rantap tentang Otonomi Daerah. Kedua, tim perumus tentang Pemantapan Persatuan dan Kesatuan. Ketiga, tim perumus Perubahan Kedua Tap MPR No.II/MPR/1999.