Rapat pun dilanjut dengan pembicaraan Djoko Sarwono tentang pendidikan nasional yang cocok dengan perasaan anak Indonesia; kemudian pidato Anta Permana tentang kawin paksa, kawin bawah umur, dan poligami; dilanjut sanggahan dari Kartosoewirjo yang kemudian debat terpaksa dihentikan karena merembet ke urusan agama; dan saran dari Kasman agar pendidikan nasional didasarkan pada agama.
Rapat kedua sempat terhenti selama tiga puluh menit karena istirahat namun kemudian dilanjutkan kembali dengan pembicaraan Sarmidi Mangoensarkoro tentang pendidikan anak di rumah. Lalu kemudian rapat kedua ditutup pukul 12.00 WIB dengan informasi bahwa arak-arakan yang seharusnya dilaksanakan harus dibatalkan karena adanya aturan polisi yang memberatkan.
Rapat ketiga kemudian dilaksanakan di hari yang sama, 28 Oktober 1928, di Jalan Kramat 106, Jakarta (gedung Indonesische Clubgebouw) pada pukul 20.00 WIB. Rapat dibuka oleh Soegondo. Di rapat tersebut pula, Muhammad Yamin meminta maaf kepada Ma’moen Ar Rasjid atas perdebatan mereka dalam rapat pertama.
Rapat ketiga sempat diwarnai oleh perdebatan agar panitia memprotes kebijakan polisi yang sangat berat hingga arak-arakan harus ditiadakan. Setelah mereda, Ramelan kemudian menyampaikan pidatonya tentang kepanduan dan mengimbau para orang tua meminta anaknya menjadi pandu. Pembicaraan tentang pandu ini kemudian ditimpali oleh Theo Pangemanan, Inoe Martakoesoema, dan Mr. Soenario.
Rapat kemudian ditunda untuk istirahat. Di momen istirahat ini, W. R. Soepratman mendatangi Ketua Kongres Soegondo Djojopoespito dan menyerahkan kertas syair dan notasi lagu Indonesia. Soegondo kemudian menghampiri Van der Vlaas, wakil dari Kantor voor Inlandsche Zaken, untuk membicarakan lagu itu. Namun, Van der Vlass berkeberatan, Soepratman hanya diperkenankan memperkenalkan lagu tersebut sebatas alunan biola saja, tanpa lirik atau syair.
Setelah istirahat selesai, terjadi adanya perdebatan tentang protes dari para organisasi akan kebijakan-kebijakan polisi yang anti-kritik. Kemudian, dalam rapat ketiga ini, karena adanya perbedaan pendapat dan penolakan Jong Java digabungkan ke organisasi baru, kedudukan R. M. Djoko Marsaid sebagai wakil ketiga digantikan oleh Soedjono D. Pusponegoro.
Sebelum putusan kongres dibacakan, W. R. Soepratman memperdengarkan lagu ciptaannya dengan semangat dan disambut semua hadirin dengan antusias. Kemudian dilakukan pembacaan hasil dan putusan kongres yang dikenal dengan Sumpah Pemuda. Setelah putusan dibacakan, para pemuda yang dipimpin oleh Raden Soerjadi kemudian mengucapkan ikrar atau Sumpah Pemuda tersebut bersama-sama.