Koordinasi antar ketiga lembaga itu memang terus digalang. Tetapi Sudhono mengkhawatirkan terjadinya tumpang tindih dalam penyidikan kasus-kasus korupsi. Beberapa kali terjadi kejaksaan melakukan operasi penyelidikan intelijen, eh ternyata polisi sudah menyidik. Akan menjadi masalah kalau kemudian kasus itu di SP3-kan oleh kepolisian.
Selain ekses tumpang tindih, pemberian kewenangan kepada ketiga lembaga ini juga bisa menyebabkan pembiaran. Untuk perkara-perkara yang complicated, melibatkan pejabat penting negara, bisa saja ketiga lembaga saling melempar tanggung jawab. Tak ada yang mau menyidik. Menurut Sudhono, belum ada solusi dalam undang-undang jika kejadian semacam itu terjadi
Jaksa Agung Muda Tindak Pidana Khusus (Jampidsus) Sudhono Iswahyudi mengatakan bahwa salah satu masalah yang dihadapi Kejaksaan dalam penanganan kasus-kasus korupsi adalah perizinan. Pemeriksaan terhadap pejabat eksekutif dan legislatif harus mendapatkan izin dari atasan masing-masing, baik dari Presiden maupun Menteri Dalam Negeri.
Izin pemeriksaan pejabat tidak dengan sendirinya turun jika Kejaksaan mengajukan permohonan. Celakanya, peraturan perundang-undangan tentang perizinan itu pun tidak seragam.
Sudhono mencontohkan disharmoni antara Undang-Undang Kedudukan dan Susunan (Susduk) MPR, DPR dan DPRD No. 22 Tahun 2003 dengan Undang-Undang Pemerintahan Daerah No. 32/2004. Dalam Undang-Undang Susduk disebutkan tidak perlunya izin pemeriksaan anggota MPR, DPR dan DPRD yang dituduh sebagai pelaku tindak pidana korupsi, terorisme dan tertangkap tangan. Dengan ketentuan ini, maka anggota DPRD yang terindikasi korupsi bisa langsung diperiksa kejaksaan.
Ironisnya, kata Sudhono, Undang-Undang Otonomi Daerah yang baru justeru mengembalikan ke keadaan semula. Pemeriksaan terhadap pejabat-pejabat daerah termasuk anggota DPRD harus mendapatkan izin. Inilah problematik yang kita hadapi, kata Sudhono, akhir pekan lalu.
Mekanisme koordinasi
Sudhono juga menyoroti pentingnya koordinasi antar aparat penegak hukum dalam pemberantasan tindak pidana korupsi. Melalui serangkaian peraturan, kini setidaknya ada tiga lembaga yang berwenang menyidik kasus korupsi, yakni kepolisian, kejaksaan dan KPK. Jika selama ini kasus-kasus korupsi banyak disidik Kejaksaan, maka berdasarkan Undang-Undang No. 2 Tahun 2002 polisi diberi berhak menyidik seluruh jenis tindak pidana. Kejaksaan pun demikian, terutama setelah berlakunya Undang-Undang No. 16 Tahun 2004.