Dalam Pasal 30 ayat (1) UU 5/2004 disebutkan “Mahkamah Agung dalam tingkat kasasi membatalkan putusan atau penetapan pengadilan-pengadilan dari semua lingkungan peradilan karena: a. tidak berwenang atau melampaui batas wewenang; b. salah menerapkan atau melanggar hukum yang berlaku; c. lalai memenuhi syarat-syarat yang diwajibkan oleh peraturan perundang-undangan yang mengancam kelalaian itu dengan batalnya putusan yang bersangkutan.“
Kedua, MA bertugas menyelesaikan semua sengketa kewenangan mengadili pada tingkat pertama dan terakhir sesuai bunyi Pasal 33 UU 14/1985. (1) Antara pengadilan di lingkungan peradilan yang satu dengan pengadilan di lingkungan peradilan yang lain. (2) Antara dua pengadilan yang ada dalam daerah hukum pengadilan tingkat banding yang berlainan dalam lingkungan peradilan yang sama. (3) Antara dua pengadilan tingkat banding di lingkungan peradilan yang sama atau antar lingkungan peradilan yang berlainan.
Ketiga, MA memutus permohonan peninjauan kembali (PK) atas putusan pengadilan yang telah memperoleh kekuatan hukum tetap (upaya hukum luar biasa) yang mengandung kesalahan dan kekhilafan hakim (Pasal 66-68 UU 14/1985). Keempat, MA memutus pengujian peraturan perundang-undangan di bawah undang-undang terhadap undang-undang (Pasal 31 UU 5/2004 jo Pasal 31A UU 3/2009).
Kelima, MA berwenang memberi pertimbangan permohonan grasi yang diajukan terpidana melalui Presiden sesuai bunyi Pasal 4 ayat (1) UU No.22 Tahun 2002 tentang Grasi yang telah diubah dengan UU No.5 Tahun 2010. Pasal 4 (1) UU Grasi menyebutkan “Presiden berhak mengabulkan atau menolak permohonan grasi yang diajukan terpidana sebagaimana dimaksud dalam Pasal 2 setelah mendapat pertimbangan dari Mahkamah Agung.”
Pasal 2 UU 5/2010 menyebutkan putusan pemidanaan yang dapat dimohonkan grasi adalah pidana mati, pidana penjara seumur hidup, atau pidana penjara paling rendah 2 tahun. “Dalam jangka waktu paling lambat 30 (tiga puluh) hari terhitung sejak tanggal diterimanya salinan permohonan dan berkas perkara sebagaimana dimaksud dalam Pasal 9, Mahkamah Agung mengirimkan pertimbangan tertulis kepada Presiden,” demikian bunyi Pasal 10 UU 5/2010 ini.
4 Fungsi
Sobandi menerangkan dalam praktiknya MA memiliki 4 fungsi utama. Pertama, Fungsi Peradilan. Sebagai pengadilan negara tertinggi, MA merupakan pengadilan kasasi yang bertugas membina keseragaman penerapan hukum melalui putusan kasasi dan peninjauan kembali menjaga agar semua hukum dan undang-undang di seluruh wilayah negara RI diterapkan secara adil, tepat, dan benar.
Selain itu, MA berwenang memeriksa dan memutuskan pada tingkat pertama dan terakhir; semua sengketa kewenangan mengadili; permohonan peninjauan kembali putusan pengadilan yang telah memperoleh kekuatan hukum tetap; dan semua sengketa yang timbul karena perampasan kapal asing dan muatannya oleh kapal perang Republik Indonesia berdasarkan peraturan yang berlaku (Pasal 33 dan Pasal 78 UU No.14 Tahun 1985).